2015年4月23日，俱乐部宣布将亨德森的合同延长至2020 年。根据新合约他将获得每周10万英镑的薪水。2015 年7月10日，利物浦官方确认乔丹亨德森成为俱乐部新队长。

2015-16赛季，刚刚成为球队队长的亨德森发挥不佳，赛季开始后不久，亨德森受困于右脚后跟的伤势，他的伤势不断加重，直到跖骨骨折后，亨德森接受了手术，但在重新入队前，他的右脚再次骨折。亨德森在一次采访中承认足跟问题源于无法治愈的足底筋膜炎。

受伤使他错过了与接任罗杰斯的新任主教练克洛普的见面会。缺席近3个月后，亨德森重返赛场。然而2016年4月初，他的膝盖韧带撕裂，于是不得不坐在替补席。一系列伤势对球队的负面影响极大地影响到他身为队长的威望。

本赛季，亨德森只出场了26场比赛，打进2球送出3个助攻。

2016-17赛季，尽管上个赛季中麻烦重重，球队仍然在2016-17赛季为亨德森保留了队长位置。亨德森在该赛季出场27次，进球1个，助攻4次。因为2月份的严重伤病，亨德森缺席了2月以后的所有比赛。

2017-18 赛季，亨德森伤势好转。他总计带队出场41次，打进1球送出2次助攻，并引领利物浦打进了欧冠决赛。

2018-19赛季，新赛季开始后不久，利物浦宣布与亨德森签订为期5年的续约，续约至2023年。签约后，亨德森强调他想在职业余生中尽可能陪伴利物浦队成长，辅佐球队荣戴桂冠。

该赛季，随着法比尼奥在中场位置上的成长，亨德森默认首发的地位遭受了些许挑战。但球队教练克洛普给了两人充足的时间调整。法比尼奥渐丰的羽翼得以让亨德森有了更大的发挥空间，他成为更具攻击性的中场，这本就是他的首选角色。克洛普选择续约也表达出了对亨德森的信任。

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本赛季，亨德森为利物浦出场44场比赛打进1个进球送出4个助攻。在欧冠中，利物浦在欧冠半决赛，在首回合0：3落后，又缺少了球队主力萨拉赫和菲尔米诺的情况下，次回合比赛上半场亨德森膝盖负伤，但他选择带伤坚持比赛，以队长身份鼓舞队友精神。