太平天国的军政大权实际掌握在杨秀清手中，洪秀全退居二线。

杨秀清自称天父下凡，成为太平天国比肩洪秀全的二号人物。

天京之围解除后，杨秀清打算自立门户。

洪秀全密令韦昌辉、石达开铲除杨秀清。

1856年9月4日，杨秀清及其部下家属两万余人被韦昌辉所杀，史称“天京事变”。

石达开赶到天京后指责韦昌辉滥杀无辜，两人不欢而散，石达开随后逃出天京，并决定上书洪秀全铲除韦昌辉。

不久，韦昌辉及其部下被处死。

1856年11月，石达开回到天京，因威望日高被推举主持朝政，但洪秀全对其有所猜忌，石达开再次出逃。

天京事变使太平天国元气大伤。

石达开出走后，在多地作战。

1861年9月，石达开被围堵在大渡河区域，四川总督骆秉章提出议和，石达开自首后太平军遣散4000人，剩余两千人跟随他赴成都，后全部被处死。

1863年12月21日，天京再次被清军围困。

1864年6月1日，洪秀全病逝。7月19日，天京被攻陷，清军屠城，许多百姓被杀，太平天国的其他军队各自为战。

1872年4月，随着李文彩部队的覆灭，最后一支使用太平天国旗号的反清武装消失，太平天国运动最终失败。