次年，秦桧加封太师，进封魏国公。

绍兴十四年（1144年），秦桧贬黜或流放了从前议论、讽刺过他的李龟年、李光、解潜等人。

后又借高宗立嗣之事，罢免一批朝臣。

秦桧奏请高宗禁止传扬秦熺主持修国史，秦熺借机歌颂秦桧，并更改、焚毁涉及秦桧的诏书等。

绍兴十五年，秦桧一家皆加恩封赏，还得到高宗亲笔题写“一德格天”的匾额。

绍兴十九年，皇上命绘秦桧像并亲自做赞。

绍兴二十年（1150年）正月，秦桧上朝遇刺未中，此后出门有数十位侍卫持棍相伴。

这一年秦桧病重，高宗允许他乘轿子上朝并由其孙搀扶，且免行拜礼。

绍兴二十二年（1152年）三月，秦桧以“撰造语言，谤毁朝廷”之罪废王庶二子，将王庶升为浙东马步军副都总管以酬谢他诬告岳飞之事。

秦桧在朝中擅权专政，进言之人大多为歌颂其功德，家中子孙也皆任重职。

赵令衿因说“君子之泽，五世而斩”而被汪召锡告发，并牵连到前宰相赵鼎之子赵汾，秦桧命人诬陷赵汾等人，案件牵连贤士五十余人，此后秦桧病情加重。

绍兴二十五年（1155年）十月二十二日，秦桧去世，终年六十六岁，追赠为申王，谥号“忠献”。

宋宁宗开禧二年（1206年）四月，追夺秦桧王爵，改谥号为“谬丑”。

嘉定元年（1208年）又得以恢复原封号、赠爵。

秦桧执掌相位多年，打压朝中主战派、构陷忠良、暗增民税，被史学家认定为奸臣。

《宋史》将秦桧列入《奸臣传》，评价秦桧“自其独相，至死之日，易执政二十八人，皆世无一誉”。

南宋、明清时期的小说戏曲中秦桧也多以奸臣的形象出现。