然而，张全不顾前方奋战的义军而溃逃，导致援军战败，尹玉、麻士龙等人壮烈殉国，元军攻破常州。

之后独松关告急，文天祥奉命前往增援，但援军未到，独松关已被攻破，平江也被元军占领，他退守余杭。

恭帝德佑二年（1276年）正月十八日，伯颜率军进驻皋亭山，距临安仅三十里，文天祥刚任临安知府。

不久后宋廷投降，十九日，文天祥被任为右丞相兼枢密使，次日被派往元营议降。

他与伯颜在皋亭山争论，被扣留。

行至镇江后，文天祥与杜浒等十二人趁夜逃入真州。

真州知州苗再成出城相迎，并提出兴复宋朝的计划，文天祥写信送两个制置使并派遣使者联络各方。

但因文天祥一直反对投降，国内主和势力对他怀恨在心，欲除之而后快。

苗再成收到杀掉文天祥的命令，不忍心下手，派人将其护送至扬州。

在扬州城门口，文天祥一行人得知要严密防备他，于是向东而行，又遇上元军，好在没被发现。

走至板桥时，元军又来了，同行的杜浒、金应被擒获，财物被夺后被放回，虞候张庆眼睛中箭、身上两处受伤，文天祥两次都未被发现，得以脱身。

最后他们坐船到了温州。

文天祥听说益王赵昰未立，于是上表劝赵昰即帝位。

1277年六月，在陈宜中和张世杰的拥立下，益王赵昰在福州称帝，改元“景炎”，任命文天祥为右丞相兼枢密使。

小主，

七月，新朝廷让文天祥带兵移往汀州。

十月，他派赵时赏、赵孟溁率军取道石城，攻取宁都，吴浚率军攻取雩都，刘洙、萧明哲、陈子敬回赣州，与唐仁一起策应吴浚夺取赣州城。

因兵力悬殊，吴浚投降元军，唐仁病故，夺取赣州计划失败。

1278年正月，元军攻入汀州，文天祥被迫率部转战。

五月收复会昌，六月克兴国，取得“于都大捷”，赣州所属10县全部克复，只剩下赣州没有攻下，吉州所属8县也克复了4个县，临川、洪州（南昌）各郡都送来军饷，潭州（长沙）的赵潘、张虎、张唐、刘斗元等纷纷起兵响应，分宁、武宁、建昌三县豪杰都派人到文天祥军中受节制，一时声势浩大。

同年，他收复惠州后，潮（阳）、梅（县）、循（龙川、和平一带）三州反正归宋，粤东形势出现转机。

但在江西空坑，文天祥的部队被元军李恒包围，“士卒皆溃散，妻妾子女具被元军俘走”，部将赵时赏用计冒充文天祥，他才得以虎口余生。

1278年十二月，文天祥在海丰五坡岭被元军张弘范部的千户王惟义俘虏，部将邹凤、刘子俊、陈复龙、萧明哲皆殉难。

文天祥被俘时，吞下冰片企图自尽，但未成功。