在方从哲辅政时期，朝廷的党争氛围有所缓和，这在一定程度上是因为言官中已缺乏真正敢于直言的清流派。然而，这种平静背后，是齐楚浙三党的崛起，特别是方从哲的门生亓诗教，作为齐党成员，其影响力日益显着，加剧了朝廷内部的派系斗争。

方从哲执政期间，皇帝的怠政倾向愈发明显，国家机器运转不畅，从中央到地方，各级官员大量空缺，国家政务陷入瘫痪状态。[6]与此同时，边疆危机不断升级，万历四十六年（1618年），大清军队攻占抚顺，朝野震惊，但皇帝的应变措施迟缓无力。[7]方从哲之子方世鸿的杀人案更是让其陷入舆论漩涡，尽管方从哲请辞，但皇帝并未批准。

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面对国家的重重危机，方从哲的应对显得乏力且被动，他虽多次请求罢免，但皇帝的挽留让他难以抽身。在辽东战场，明朝军队连连失利，方从哲虽上奏请求对策，但皇帝的冷漠回应使局势进一步恶化。辽阳的失陷，被视为明朝灭亡的前兆，而方从哲作为辅政首辅，难辞其咎。

万历四十八年（1620年），当皇帝病重之时，方从哲与九卿台谏共同询问皇帝病情，直至皇帝驾崩，方从哲参与了接受遗命的重要过程。然而，方从哲在位期间的作为，被后世评论家视为明朝衰亡的重要原因之一。

四、红丸大案

郑贵妃，出于对福王往事的担忧，试图通过赠送珠宝与侍姬来讨好新帝，其中李氏尤其得宠。郑贵妃进而请求册封李氏为皇后，李氏亦为郑贵妃求封太后，这一系列举动在宫廷内外引发轩然大波。光宗皇帝于九月初六日已感不适，至八日病情加重，此时方从哲被皇帝命令册封郑贵妃为皇太后。然而，侍郎孙如游的激烈反对最终阻止了这一封号的实现。

随着光宗病情的恶化，关于宦官崔文升进献泻药导致皇帝健康急剧下降的传言在京城中流传开来。给 事 中杨涟率先弹劾崔文升，并将矛头指向方从哲，暗示其在事件中负有责任。在众臣的压力下，方从哲不得不采取行动，他向光宗进言慎用药石，但皇帝的病情并未因此好转。

九月十九日，新任内阁大臣刘一燝与韩爌上任，此时光宗的病情已十分危急。两天后，光宗召见方从哲、刘一燝、韩爌及其他重要官员，皇帝已无法正常进食，但仍坚持下旨册封李选侍为皇贵妃。在九月二十五日的再次召见中，光宗表达了对皇长子的期望，希望诸臣辅佐其成为明君，并提及了自己的身后事。

就在这一天，鸿胪寺丞李可灼自称拥有仙丹，向光宗进献了所谓的“红丸”。皇帝服用后，一度称赞李可灼为“忠臣”。然而，红丸并未挽救光宗的生命，九月二十六日，光宗驾崩，留下了宫廷内外一片混乱。

方从哲在光宗逝世后草拟的遗诏中，竟对李可灼给予奖赏，此举引发了朝野的极大愤慨。在李选侍占据乾清宫的紧张局势下，方从哲并未采取果断措施，而是选择妥协，这进一步削弱了他在朝臣中的威信。

五、移宫大案

光宗朱常洛登基后，原本 侍 候 神宗病体的郑贵妃并未 即 时 迁居，这引起了朝臣的不满。尚书周嘉谟责备了郑贵妃的从子郑养性，最终迫使郑贵妃从乾清宫迁出，移居至慈宁宫。慈宁宫作为皇贵妃的住所，虽非皇太后专属，但此举已表明郑贵妃地位的微妙变化。

然而，光宗逝世后，李选侍却占据了乾清宫，这引起了更大的争议。李选侍曾试图获得皇后之位，其野心昭然若揭。给事中杨涟和御史左光斗等正直派官吏认为，李选侍不应继续居住于乾清宫，以免干涉新皇朝政。他们坚决要求李选侍迁居，但此事争辩数日未能决断。方从哲等大臣起初试图缓和处理，但在新皇帝登基前夕，刘一燝、韩爌等重臣联合奏请，最终迫使李选侍移出乾清宫，改居哕鸾宫。