奇袭部队，负责试探敌人查出敌人大概实力，队长：勘九郎，已知成员：奥摩伊、佐井、一反、日向火门、段吾（联络班）、佐治、桐。

大名护卫队，主要为保护大名而成立的特殊部队；统领：五代水影·照美冥；已知成员：长十郎、飞雷神艮马小队（不知火玄间、并足雷同、榻榻米伊瓦西）。

第一部队：中距离联合军分队，主力为擅长暗器和武器的忍者；统领：达鲁伊；已知成员：天天、秋道丁座、日向日足、萨姆伊、阿茨伊、钢子铁、神月出云……

第二部队：近战联合军分队，主要负责斩杀数量多的敌人，在最前线战斗的队伍；统领：黄土；已知成员：黑土、日向宁次、卡鲁伊、日向雏田……

第三部队：战斗近中距离联合军分队，主要负责持久战。统领：旗木卡卡西；理队长：叠伊瓦希，已知成员：迈特凯、春野樱（同时为医疗后勤部队成员）、李洛克、山中三天、奈良盐水、真树（封印班）、文牙（封印班队长）、田直……

第四部队：远距离战斗联合军分队，同时负责支援前线及后方的部队；代理统领：奈良鹿丸；已知成员：手鞠、秋道丁次、土代（联络班）、砂岩、泰萨……

第五部队：战斗特别部队，全为武士或使用特殊忍术、战斗方法的忍者们组成的部队；统领：三船已知成员：油女志乃、犬冢牙（携带忍犬赤丸）、山中井野、犬冢爪（携带忍犬黑丸）、犬冢花（携带忍犬赤丸）、冲介、里角……

医疗后勤部队，负责救助伤员；队长：静音；已知成员：春野樱（同时为第三部队成员）、白医、户善、竹丸、日野、硫磺（封印班）……

感知部队，负责感知敌人方位；代理统领：希……

木叶阻拦小队，负责劝阻鸣人留在岛龟上，必要时使用武力；队长：油女志微；已知成员：海野伊鲁卡、秋道丸天、秋道志登、奈良朱雀、迪姆伊……

岛龟结界小队，负责组成36重再生结界，阻止人柱力们离开岛龟；队长：脆；已知成员：日向伊吕波……

支援小队，队长：宇智波赤炎，主要任务是在某一方战役陷入危机的时候，带领调动支援部队前去支援……