郑芝龙之所以选择这种比较麻烦的撤离方式，也是有他自己的安全考虑在里面。先如果他在众目睽睽之下从马公港率先离开，那么对于仍然没有来得及撤离的人员来说无疑会有一种被抛弃的感受，很容易引大的混乱不说，而且对他个人在十八芝中的形象也会起到负面影响。其次他很担心对手的船队随时杀到马公港，那时候即便船已经出海，也很难逃过海汉人那种高战船的衔尾追杀，因此他选择了从澎湖岛的另一头出海，在离开澎湖海域之后再寻求与大部队的会合。

值得庆幸的是郑芝龙所派出的两支阻击船队虽然都很快战败，但的确为十八芝争取到了非常宝贵的一段撤离时间，岛上的青壮几乎都已经在联军舰队抵达之前一个小时撤离了马公港，以最快的度往北方逃窜。被联军舰队堵在马公港的，几乎都是散兵游勇和装载闲散人员的船只了。

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“追吗？”王汤姆看着已经接触到海平面的夕阳，征询颜楚杰和钱天敦的意见。

“算了，安全第一。今天还是先把马公港清理下来再说，明天再派船队去撵一撵十八芝的屁股吧。”颜楚杰稍一犹豫，最后还是选择了放弃追击。

钱天敦对此也持比较慎重的态度：“这里岛屿众多，我们对澎湖附近的海域又不熟悉，打夜战太冒险了，也没有冒这个风险的必要。还是先缓一缓，等明天再让舰队清理附近海域。”

两名同僚都建议稳重应对，王汤姆也不会坚持冒险作战，当下便通过电台通知另外两支舰队，让他们收拢队伍，开始对马公港码头进行清理。同时派船通知福建水师，让他们派船往南北两个方向沿海岸线进行搜索，看看澎湖岛沿岸是否还有尚未来得及撤离的海盗船队。

在意识到大势已去之后，滞留在马公港未能来得及撤离的数千人没有再进行无谓的抵抗，大约三分之一的人选择了就地投降，剩下的人则是抱着侥幸心理撤向了内6，指望敌人对澎湖的攻打只是短期行为，打完这一波之后就会撤回大6。

颜楚杰也没有急于让部队连夜进行搜捕，而是在马公港划定了驻扎区，让运兵船和货船能偶尽快入港停靠。这次的联合行动，海汉与福建军方总共投入了近万作战人员，还动员了几乎数目相当的民夫负责后勤辎重。不过开战之前的种种担心，现在看来都已经不会出现了，十八芝接连驶出丢车保帅的招数，已经表明了他们没有打算在澎湖岛上再组织像样的抵抗。这样一来联军要实现占领澎湖的作战意图就十分轻松了，只要逐岛进行清理就行。

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马公港的港湾出口正好是朝向西边，而联军舰队是自西向东杀过来，双方都是在比较远的距离上就现了对方的存在。惊慌失措的海盗船队正面撞上战意正浓的联军舰队，几乎是被锋利刀锋切入的豆腐一样，轻易地就被分切开来。而十八芝一方似乎已经完全失去了指挥体系，在这种混乱的场面下没有人组织起像样的抵抗，所有人都在试图尽快逃离这个战场。

王汤姆在战前所选定的登6地点位于马公港北侧的半岛上，所有人都提前打起了精神准备迎接一场恶战，但实际的情况却是让负责掩护的舰队根本无从挥，这里根本就没有任何的岸防措施，并且从望远镜中也看不到成建制的武装人员在岸边活动。随后赶到的运兵船几乎毫无阻碍地靠岸实施了登6，根本就没有想象中来自十八芝的阻击出现。