因奥利德的叛变而愤怒的科尔特斯下令逮捕贝拉斯克斯，他确信贝拉斯克斯是奥利德叛变的幕后黑手。

然而，这一举动只会进一步疏远卡斯蒂利亚王室和印地安委员会（Council of Indies），这两个机构都开始对科尔特斯日益增强的权力感到不安。

科尔特斯给查理五世的第五封信试图为他的行为辩护，信的结尾对“各种强大的竞争对手和敌人”进行了尖锐的攻击，称他们“蒙蔽了陛下的眼睛”。

查理五世同时也是神圣罗马帝国皇帝，对于遥远的殖民地几乎没有时间管理（查理的大部分统治时间都用于与法国、德国的宗教改革者以及不断扩张的奥斯曼帝国的战争），除非这些殖民地有助于为他的战争提供资金。

在征服的那一年1521年，查理五世正忙于处理他在德国的事务，而乌特勒支的主教阿德里安（Bishop Adrian of Utrecht）在西班牙担任摄政。

韦拉斯凯斯和丰塞卡（Fonseca）说服摄政任命了一位专员，赋予其调查科尔特斯行为的权力，甚至可以逮捕他。

科尔特斯曾说，“和自己的同胞竞争比与阿兹特克人竞争还要困难”。

1526年，科尔特斯在库埃纳瓦卡（Cuernavaca）为自己建造了一座宏伟的住宅——科尔特斯宫，这个地区靠近首都（现代墨西哥中部偏南），他在此拥有大量的恩给制地契（enienda）地产。

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韦拉斯凯斯总督继续成为他的一根刺，与西班牙殖民部门的首席官员胡安·罗德里格斯·丰塞卡（Bishop Juan Rodríguez de Fonseca）联手在印地安委员会中削弱他。

在科尔特斯返回探险几天后，庞斯·德·莱昂（Ponce de León）暂停了科尔特斯担任新西班牙（New Spain）总督的职务。

随后，庞斯·德·莱昂生病，并在抵达后不久去世，任命马尔科斯·德·阿吉拉尔（Marcos de Aguilar）为市长。

年迈的阿吉拉尔也生病，并任命阿隆索·德·埃斯特拉达（Alonso de Estrada）为总督，埃斯特拉达在1527年8月的皇家法令中得到了确认。

科尔特斯被怀疑毒死了他们，因此没有接管政府。

埃斯特拉达派迭戈·德·菲戈罗亚（Diego de Figueroa）南下。

菲戈罗亚抢劫坟墓并勒索贡品，最后在运载这些财宝的船只沉没时丧命。

阿尔博尔诺斯（Albornoz）说服阿隆索·德·埃斯特拉达释放贡萨洛·德·萨拉萨尔（Gonzalo de Salazar）和奇里诺斯（Chirinos）。

当科尔特斯愤怒地抱怨他的一名追随者的手被砍掉后，埃斯特拉达下令将他流放。

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1528年，科尔特斯返回西班牙，他向国王查理五世申诉。

胡安·阿尔塔米拉诺（Juan Altamirano）和阿隆索·巴连特（Alonso Valiente）留在墨西哥，作为科尔特斯在他缺席期间的代表。

科尔特斯以极大的光彩出现在查理五世的宫廷面前。

此时查理五世已经回国，科尔特斯直截了当地回应了敌人的指控。

他否认自己隐瞒了应归王室的黄金，显示出自己贡献的远超过法定的五分之一。

事实上，他在建造墨西哥城的新首都方面花费奢华，这座城市建立在阿兹特克首都特诺奇提特兰（Tenochtitlán）的废墟上，而特诺奇提特兰是在摧毁阿兹特克帝国的围城中被夷为平地的。

查理五世以极高的礼遇接见了他，并授予他圣地亚哥骑士勋章。