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广明二年（881年）三月，唐僖宗任命郑畋为京城四面诸军行营都统，负责进攻起义军。

黄巢派尚让、王璠带兵五万攻打郑畋，因急躁轻敌中了埋伏，损失两万余人。

四月，郑畋指挥唐军从四面围困住长安城。

黄巢主动把农民军撤出长安，东屯灞上（今陕西省西安市东南）。

唐军进入长安后，烧杀抢掠，无恶不作。

农民军得知唐军入城的暴行后，分兵数万重新杀进长安城，唐军死伤惨重。

中和二年（882年）正月，宰相王铎兼任诸道行营都统，统领各路唐军将黄巢困于长安城。

九月，黄巢大将朱温见农民军形势危急，杀监军严实，以同州投降都统右司马王重荣。

唐僖宗赐朱温“全忠”之名和高官厚禄，农民军队伍不断被分化。

同年十二月，唐王朝任命沙陀部落酋长李赤心之子李克用为雁门节度使（镇代州雁门，今山西代县），令其带领军队开至河中（今山西永济市西南）。

中和三年（883年）正月，李克用在沙苑（今陕西大荔东南）大败黄巢弟黄揆。

四月，黄巢率领农民军撤出长安，转入河南，以尚书左仆射孟楷为先锋进攻陈州（今河南省周口市淮阳），遭到陈州刺史赵犨的顽强抵抗，孟楷被伏杀。

黄巢大怒，继续围攻陈州，以致错失发展良机，遭到朱温和李克用等部的重兵围堵。

最终，黄巢军败向山东，退至狼虎谷（今山东莱芜西南）后自刎而亡，起义失败。

黄巢起义第一次提出了“均平”的口号，沉重打击了唐王朝的统治，摧毁了门阀士族势力，加速了唐朝的灭亡。