十月二十六日，慈禧带同治皇帝和八大臣回京，她以皇帝年幼为由，随灵柩走一天后便提前由小路回京，让八大臣中最有权势的肃顺护送咸丰梓宫走大路。

十一月一日，慈禧回到北京后接见恭亲王奕?、军机大臣文祥等。

十一月二日，奕?在慈禧授意下颁布圣旨，解除肃顺等人职务，当场逮捕载垣、端华，又下令将景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛等撤职查办，还抓捕了护送梓宫回京的肃顺。

十一月八日，慈禧发布诏书，否认咸丰帝遗诏并数落八大臣罪状，下令将肃顺斩首，让载垣、端华自尽，其余五大臣被革职或充军。

十二月初二，载淳正式登基，两宫太后垂帘听政，慈禧宣布废除八大臣原拟的祺祥年号，1862年改为同治元年，还让恭亲王奕?辅政，形成“太后垂帘，亲王辅政”的统治局面。

听政初期，慈禧推行两项执政主张：

1. 破格重用以曾国藩为首的湘军集团和其他地方的汉人军事集团。

太平天国运动来势汹汹，慈禧继续沿用咸丰重用汉人的政策，力排众议，授权曾国藩督办四省（苏、皖、浙、赣）军务，其巡抚、提镇以下悉归节制。

曾国藩为感恩推荐了左宗棠和李鸿章，他们成为抵抗太平军的重要力量。

2. 支持洋务运动。

同治元年（1862年），以同治帝名义颁发上谕，正式宣布“借师助剿”政策方针。

“洋枪队”改名为“常胜军”并扩编，还在宁波组建“常捷军”，列强提供洋枪洋炮给清军并帮助训练。

为培养洋务人才，清政府于同治元年设同文馆，在上海、广州设方言馆，后又派遣人员出国留学，在国内创办许多专业性学堂。

同治五年（1866年），恭亲王奕?上折请求在同文馆内添设一馆学习天文、算学知识，慈禧批示同意。