妥懽帖睦尔继续推行廉政、推动改革，但积弊已久的官场腐败难以迅速改变，加上天灾不断、瘟疫流行、黄河频繁决口等，社会动荡不安。

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为解决财政问题，妥懽帖睦尔支持脱脱“变钞”，即印发新钞并规定其价值是旧钞的两倍，元廷借此搜刮旧钞，暂时缓解了财政缺口。

但新钞发行未绑定白银做准备金，也没有价值衡量标准，随意印刷导致通货膨胀。

元末农民起义大爆发，起义军头戴红巾，被称为红巾军，很快遍布全国。

妥懽帖睦尔把红巾军起义原因算在脱脱头上，对其信任度锐减，开始重用佞臣哈麻。

哈麻引进密宗，教妥懽帖睦尔用男女双修之法运气，其舅父老的沙等十人陪伴淫乐。

至正十二年（1352年）八月，脱脱亲率由蒙、汉、西域、吐蕃、高丽等部队组成的百万元军平叛红巾军。

经过一年多时间，各地红巾军几乎都被压制。

至正十四年（1354年）正月，盐贩张士诚自立为王，脱脱亲自领兵攻打高邮。

正当张士诚力竭准备投降时，妥懽帖睦尔听信哈麻之言，逼脱脱交出兵权，导致军心溃散，全军四散，甚至有部分投入红巾军。元末农民战争形势逆转，此后元廷只能依靠地主武装对抗红巾军。

至正十五年（1355年）十二月，脱脱在流放云南途中被哈麻矫旨害死。

此后，妥懽帖睦尔意志更加消沉，愈加迷恋密宗双修之法，佛家舞蹈“金刚舞”被改编成“十六天魔舞”。

他还爱好木艺、小发明，越发不理朝政，而将朝政交给皇太子爱猷识里答腊。

至正十六年（1356年），哈麻谋划让妥懽帖睦尔禅位给皇太子，其妹婿秃鲁帖木儿将此事告发，哈麻被杖杀。

至正二十八年（1368年）闰七月，明军进攻大都，妥懽帖睦尔出逃北上，元朝对全国的统治结束。

至正三十年四月二十八（1370年5月23日），妥懽帖睦尔在应昌（今内蒙古自治区赤峰市克什克腾旗）驾崩，享年五十岁，庙号惠宗，蒙古汗号“乌哈哈图汗”，明太祖尊其为“顺帝”。