一、早年及求学时期
约翰内斯·开普勒于1572年1月6日（儒略历1571年12月27日）出生在神圣罗马帝国的威尔德斯达特，这是一个位于今天德国巴登-符腾堡州的小城，距离斯图加特市中心约30公里。开普勒出生在一个已经日渐衰落的家庭，他的祖父西博尔德·开普勒曾是这个城镇的市长，但到了开普勒出生时，家族的财富和地位已大不如前。开普勒的父亲海因里希·开普勒为了谋生，成为了一名雇佣兵，当开普勒5岁时，海因里希离开了家庭，据说后来在荷兰的八十年战争中丧生。开普勒的母亲凯瑟琳娜·古尔登曼是一位旅店老板的女儿，同时也是一名医生和草药商。开普勒是早产儿，童年时体弱多病，但他的数学天赋却常常让外祖父旅馆里的客人感到惊讶。
开普勒从小对天文学产生了浓厚的兴趣。6岁时，他目睹了1577年的大彗星，这次经历给他留下了深刻的印象，他后来回忆说，他“被妈妈带到一处高地看彗星”。9岁时，他又观察到了1580年的月食，并记录道他记得自己被“叫到门外”看月食，月亮“看起来非常红”。然而，童年时患上的天花使他的视力受损，双手也有残疾，这在一定程度上限制了他进行天文观测的能力。
尽管身体条件不佳，开普勒依然展现出了非凡的学术才华。1589年，他进入了图宾根大学的图宾根神学院，开始接受系统的教育。在图宾根神学院，他师从维塔斯·穆勒学习哲学，跟随雅各布·黑尔布兰德学习神学。雅各布·黑尔布兰德是菲利普·梅兰希通在威登堡的学生，而迈克尔·马斯特林则在1590年成为图宾根大学的校长。马斯特林不仅是开普勒的老师，也是哥白尼日心说的坚定支持者。在马斯特林的引导下，开普勒接触到了托勒密的地心说和哥白尼的日心说。通过对这两种体系的深入研究，开普勒逐渐成为了哥白尼日心说的坚定支持者。
在图宾根大学，开普勒不仅在学术上取得了显着成就，还在占星术方面展现了惊人的才能。他经常为同窗占星，赢得了广泛的好评。尽管他内心深处渴望成为一名牧师，但命运却将他引向了另一条道路。1594年，即将完成学业的开普勒被推荐担任格拉茨新教学校的数学与天文学教师。面对这一突如其来的机遇，开普勒犹豫不决，但他最终决定接受这一职位，希望能在教学中继续追求自己的科学梦想。1594年4月，年仅23岁的开普勒正式开始了他在格拉茨的教学生涯。
二、与芭芭拉·穆勒的婚姻
1595年12月，约翰内斯·开普勒被介绍给了一位名叫芭芭拉·穆勒（Barbara Müller）的23岁寡妇。芭芭拉是一位带着幼小女儿吉玛·德威纳维尔德（Gemma van Dvijneveldt）的年轻女性，她已经结过两次婚。穆勒不仅继承了她前两任丈夫的财产，还是一位成功磨坊老板的女儿，拥有一定的社会地位和经济实力。开普勒在被介绍给芭芭拉后，很快就开始向她求爱。
尽管开普勒出身于一个曾经显赫的家族，他的祖父西博尔德·开普勒曾是威尔德斯达特的市长，但到开普勒这一代，家族的财富和地位已经大不如前。开普勒本人虽然在学术上表现出色，但在经济上却相当贫困。因此，当开普勒向芭芭拉求婚时，她的父亲约布斯特（Jobst Müller）最初表示反对。约布斯特认为，尽管开普勒有着高贵的身份，但他的贫困使他与芭芭拉不般配。开普勒的贫困状况确实是一个现实问题，因为他当时的收入主要来自他在格拉茨新教学校的教职，这远远不足以支撑一个家庭的生活。
然而，开普勒并没有放弃。他在1596年完成了他的第一本重要着作《宇宙的奥秘》（Mysterium Cosmographicum），并在同年出版。这本书为他赢得了声誉，也使他的学术地位得到了提升。约布斯特看到开普勒在学术上的成就后，开始动了怜悯之心，对这桩婚事的态度有所软化。但是，婚约的进展并不顺利，因为开普勒在书的出版过程中需要处理许多事务，这使得他不得不频繁外出，导致婚约一度濒临破裂。
幸运的是，帮忙说媒的教会官员介入了这场纠纷。他们认为这桩婚事对双方都有好处，因此施加压力，迫使穆勒一家遵守他们的协议。最终，经过一番波折，开普勒和芭芭拉的婚事得以成行。1597年4月27日，他们在格拉茨举行了婚礼，正式结为夫妻。
婚后，开普勒和芭芭拉的生活并不平静。他们在婚姻的早年面临了许多挑战。1597年，他们的第一个孩子海因里希（Heinrich）出生，但不幸的是，海因里希在襁褓中夭折了。1598年，他们的第二个孩子苏珊娜（Susanna）出生，同样也在婴儿期夭折。这对年轻的夫妇深受打击，但他们的关系也因此更加牢固。开普勒在学术上的不断进步，也为家庭带来了更多的希望。
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1602年，他们的第三个孩子，女儿苏珊娜（Susanna）出生，这次孩子健康地成长起来。1604年，他们的第四个孩子，儿子弗里德里希（Friedrich）出生。1607年，他们的第五个孩子，另一个儿子也出生了。尽管生活中的困难重重，但开普勒和芭芭拉的努力和坚持使他们的家庭逐渐稳定下来。
三、格拉茨时期的研究
《宇宙的奥秘》出版后，开普勒在格拉茨新教学校督导的支持下，开始了雄心勃勃的计划，旨在进一步发展和完善他的作品。他计划编写四部新的书籍：第一部关于宇宙的静止天体（太阳和固定的恒星）；第二部关于行星及其运动；第三部关于行星的物理属性与地理特征的形成（特别侧重于地球）；第四部关于天空对地球的影响，涵盖大气光学、气象学和占星术。这一系列计划显示了开普勒对天文学和相关领域的全面兴趣和深入研究的决心。
为了实现这些目标，开普勒积极收集了许多他曾赠送《宇宙的奥秘》的天文学家们的意见。其中，鲁道夫二世的皇家数学家瑞玛奴斯·乌尔苏斯（Reimarus Ursus），又名尼古拉斯·赖默斯·柏尔（Nicolaus Reimers B?r），是第谷·布拉赫的激烈竞争对手。乌尔苏斯没有直接回复开普勒，而是重新发表了开普勒的奉迎信，以寻求在与第谷关于第谷体系争论中的优势。尽管这一行为给开普勒带来了一些负面影响，但第谷还是开始与开普勒通信，一开始便对开普勒的体系进行了严厉但合理的批判。
在第谷的批评中，他特别指出了开普勒使用哥白尼不准确的数据的问题。第谷认为，只有通过更精确的观测数据，才能验证和改进现有的天文学理论。通过书信往来，第谷和开普勒就广泛的天文学问题进行了深入讨论，特别是关于月相和哥白尼学说的神学活力。然而，由于缺乏第谷天文台提供的更精确的数据，开普勒在许多议题上无法取得突破。
面对数据不准确性的限制，开普勒将精力转向了年代学和“和谐”研究，即音乐、数学及物质世界之间的命理关系，以及它们的占星结果。他假设地球拥有某种精神（一种他后来用于解释太阳引起行星运动的属性），并建立了一个将占星内容和天文距离与天气及其他地球现象联系起来的推测系统。这一时期的开普勒不仅在天文学领域进行探索，还尝试将占星术与天文学结合起来，以期找到更深层次的自然规律。