顺治元年（1644年），清军入关后，鳌拜的主要任务就是追击农民军。这一年十月，他随靖远大将军英亲王阿济格进攻已经退守西安的李自成农民军。鳌拜率军由漠南蒙古进入陕北，攻陷了四座城池，另外三十八座城池投降。随后，清军挥师南下，多铎率军攻入潼关，逼近西安。李自成被迫放弃西安，退往湖北。阿济格奉旨率军剿灭“流寇余孽”，鳌拜等分翼出师，水陆并进，在河南邓州和湖北承天、德安、武昌等地进行了十三场战斗，重创大顺军。顺治二年（1645年）六月，李自成在湖北九宫山遇难，大顺军随之瓦解。清军在这一过程中攻陷了河南、湖广、江西、南京等地的六十三座城池。

在消灭李自成之后，清军的目标转向了张献忠的大西军。顺治三年（1646年）正月，鳌拜随肃亲王豪格等率军进攻张献忠。清军得知张献忠已经率军退到了西充一带，鳌拜再次作为先锋，率领先头部队前往狙击。

两军相遇后，鳌拜等人身先士卒，冲锋在前。大西军抵挡不住清军的猛烈攻势而溃败，张献忠也在这一战役中被杀。清军在这次战斗中共击破大西军营垒130余处，斩首数万级，缴获马骡牲畜余匹。击败大西军主力之后，鳌拜等继续深入，基本上肃清了四川一带的农民军残余势力。大西军余部在孙可望、李定国的带领下退往云贵地区，继续进行抗清斗争。

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四、对抗多尔衮

在皇太极逝世后，满洲亲贵围绕皇位继承问题出现了严重的分歧。皇太极长子肃亲王豪格与皇太极之弟多尔衮争夺皇位。豪格得到了正黄旗与镶黄旗的支持，而多尔衮则拥有正白旗与镶白旗的拥戴。双方僵持不下，形势紧张。

鳌拜作为镶黄旗护军统领，手握重兵，成为皇位争夺战中的关键人物。他与索尼、谭泰等大臣会集于豪格府邸，共同立下盟誓，表示愿意与豪格共生死。为了确保豪格的安全，鳌拜等人加强了警戒，安排兵丁守卫豪格府邸。

八月十四日，代善在崇政殿召集会议讨论皇位继承问题。在此之前，鳌拜与两黄旗大臣于大清门再次立下盟誓，坚决支持豪格继位，并命令两旗精锐护军全副武装守护崇政殿，准备不惜动用武力。在会议中，当双方争执不下时，鳌拜与其他支持豪格的将领离开座位，手持武器，表示如果不能立豪格为帝，他们宁愿追随先帝而去。

在鳌拜等人的强硬态度下，多尔衮最终作出了妥协，提议立皇太极第九子福临为帝，由他自己和郑亲王济尔哈朗共同辅政。这个折中方案最终被双方接受，福临即位，改年号为顺治。

多尔衮摄政后，开始打击豪格及其支持者。鳌拜作为豪格坚定的支持者，也因此受到了严厉的打击。在多尔衮摄政期间，鳌拜经历了三次重大的迫害。

第一次发生在顺治元年（1644年），鳌拜随英亲王阿济格征讨李自成的军队，立下大功。但由于阿济格没有及时奉旨班师且谎报战功，受到处罚。鳌拜也因此被罚银一百两，军功不予议叙。

第二次发生在顺治五年（1648年），鳌拜因与豪格相关的事件而被指控，被判罚银一百两。不久后，有人告发鳌拜曾参与拥立豪格的密谋，多尔衮借此兴起了大狱，严刑拷问相关人员。鳌拜最终被判罚锾自赎，但很快又被指控在皇太极去世时擅自调动军队，再次被判死罪，后改为罚赎并降职。

第三次发生在顺治七年（1650年），多尔衮生病，鳌拜因被指包庇他人请求顺治帝探望多尔衮而被判死罪，后改为罚赎并降爵。

顺治七年（1650年）十一月，多尔衮去世，顺治帝亲政。顺治帝了解到鳌拜等人曾经盟誓支持豪格，对其忠心耿耿，因此对鳌拜极为信任和尊重。顺治帝将鳌拜视为心腹重臣，让他直接参与国家大事的决策。顺治帝还亲自探望病重的鳌拜，并赞赏他在孝庄文皇后病重期间昼夜侍候的忠诚。