随着明朝官军不断加强攻势，孔有德、耿仲明等叛军逐渐陷入困境。到了崇祯六年（1633年）二月，孔有德、耿仲明等人不得不放弃登州城，撤退到海上。明朝的将领黄龙、周文郁等率各路官军紧追不舍，使得耿仲明等人处于极其不利的地位。

耿仲明作为曾经投降后金的逃将，最初并不愿意再次归降后金，而是提出了修复南关、重建金州的建议，以此来赎回自己的过错。然而，由于与黄龙之间的仇恨，耿仲明意识到除了投奔后金之外别无他途。同年四月，孔有德、耿仲明等人最终决定渡海来到辽东，归降了后金。后金大汗皇太极亲自率诸贝勒出盛京十里迎接他们，并给予了他们女真人最为隆重的“抱见礼”，显示了对他们极大的尊重和欢迎。皇太极不仅授予耿仲明总兵官的职务，还将他们带来的军队命名为“天佑兵”。

投降后金之后，耿仲明与孔有德之间出现了矛盾。耿仲明侵夺了孔有德的部分部众，导致孔有德的部下向孔有德投诉。孔有德因此弹劾耿仲明。面对这种情况，耿仲明主动上书认错，并请求将侵夺的部众归还给孔有德。皇太极对此事高度重视，下诏嘉奖孔有德，并命令耿仲明善待自己的部下，不得重蹈覆辙。当天，皇太极邀请二人入宫并设宴款待。

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不久后，皇太极再次派人赐予羊酒，并下达诏书，表达了希望耿仲明和孔有德能够为国家效力的愿望。为了缓解两人之间的紧张关系，皇太极让他们共同驻守辽阳。

崇德元年（1636年）四月，皇太极正式称帝，并改国号为大清。在这个重要的时刻，耿仲明被封为怀顺王，与孔有德、尚可喜一起被称为“三顺王”。在接下来的时间里，耿仲明多次跟随皇太极出兵讨伐明朝以及攻打朝鲜，成为了清朝军队中的重要将领。

崇德七年（1642年）八月，皇太极将汉军（乌真超哈）分为八旗，耿仲明被编入正黄旗。同年九月，耿仲明部下的甲喇额真石明雄弹劾耿仲明，指控他私自藏匿了松山、杏山的人口，并且为一些被依法处决的逃人收尸设祭，此外，他的部下还出现了滥杀无辜的情况。这些指控被查证属实后，耿仲明被处以罚款一千两白银的处罚。

到了崇德八年（1643年）十一月，甲喇额真宋国辅、潘孝和石明雄等人密谋杀害耿仲明。耿仲明事先得知了这一阴谋，立即上报给了皇太极。皇太极调查核实后，下令将宋国辅等人斩首，并查抄他们的家产赏给了耿仲明，以此来表彰耿仲明的忠诚和警惕。

四、征战南方

顺治初年，清朝的军事扩张势如破竹，其中，耿仲明作为一位重要的军事将领，在南方战场上留下了深刻的印记。顺治元年，他紧随睿亲王多尔衮的脚步，踏入中原，一路追击农民军领袖李自成，直至望都方止。随后，他又转战陕西，协助豫亲王多铎彻底清扫李自成残余势力，之后转战南方，投身于平定江南的战役中，以赫赫战功赢得了朝廷的嘉奖，并受命镇守辽阳，稳固边疆。

顺治三年，孔有德被任命为平南大将军，肩负起征讨南明永历政权的重任。耿仲明和尚可喜积极响应，率部南下，成为孔有德麾下不可或缺的力量。顺治四年，耿仲明在牛皮滩与明将杨国栋展开激战，凭借卓越的指挥才能和将士们的英勇奋战，他成功击溃敌军，并乘胜追击，相继攻占了衡州、祁阳、武冈等地，生擒明将郭肇基，极大地震慑了南明政权。