随后，代善又在尚间崖和斐芬山同北路明军马林所率的军队激战，将其击溃，并击杀明将潘宗颜等。最后，代善与皇太极在阿布达里冈迎战刘綎所率的东路明军，再次大获全胜。随后，代善在瓦尔喀什之野与阿敏会合，再次击败明军，斩杀刘綎等将领。紧接着，他又在富察之野击败朝鲜军，迫使朝鲜将领姜弘立投降。

在整个萨尔浒之战中，代善始终担任副统帅的角色，提出了一系列重要的战略建议，为后金的胜利做出了不可磨灭的贡献。同年，代善还随努尔哈赤攻克铁岭，击败并擒获了前来支援明朝的蒙古内喀尔喀台吉宰赛等人，并最终灭掉了叶赫部。

三、被废太子

天命五年（1620年）九月，代善的家庭问题开始影响到他在努尔哈赤心中的地位。由于代善偏爱继妻纳喇氏，并虐待原配李佳氏所生的儿子，导致儿子硕讬离家出走，甚至传言他已经叛逃到明朝。代善五次、六次请求努尔哈赤，表示如果儿子真的叛逃，愿意亲手处决他，并愿意杀掉继妻以示清白。努尔哈赤调查后并未发现实据，因此没有追究硕讬的责任。

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努尔哈赤随后注意到代善给儿子岳讬和硕讬的部众条件较差，决定让他们与济尔哈朗的部众交换。当努尔哈赤询问代善为何给予儿子如此待遇时，代善声称儿子硕讬与自己的妾室有私情，并提供了证人喀勒珠。努尔哈赤斥责代善听信继妻而虐待儿子，并下令审问喀勒珠。结果，喀勒珠承认了诬陷硕讬的事实。

努尔哈赤严厉批评了代善偏听偏信的行为，并公开宣布：“欲全杀亲子、诸弟之人，哪有资格当一国之君，执掌大政！”随即废除了代善的太子之位，并剥夺了他管理的部众。九月二十八日，代善亲手杀害了继妻纳喇氏，以此向努尔哈赤请罪。努尔哈赤随后命令代善与诸贝勒各自立誓，确立了八和硕贝勒共同治理国家的新体制。

天命六年（1621年）二月，代善与阿敏、莽古尔泰、皇太极四位贝勒开始轮流负责政务，地位降至与其他三位贝勒平等。同年三月，代善随努尔哈赤征伐明朝，攻占了沈阳、辽阳等地。同年七月，明将毛文龙袭击镇江堡，努尔哈赤为了应对沿海局势，命令皇太极和阿敏迁移镇江居民到内地，而代善则负责迁移金州居民到复州。

努尔哈赤私下询问从弟阿敦关于继承人的看法时，阿敦暗示皇太极是最合适的人选。得知此事后，代善对皇太极产生了怨恨。阿敦还告诉代善，皇太极、莽古尔泰和阿济格有意陷害他，这使得代善更加警惕。代善向努尔哈赤哭诉此事，努尔哈赤召见了皇太极、莽古尔泰和阿济格，但他们均予以否认。努尔哈赤最终于九月十八日以挑拨离间、损害国政为由，判处阿敦监禁。经过这一系列事件后，努尔哈赤决定不再指定接班人，下一任汗位将由八和硕贝勒共同选举产生。自此，代善的地位明显下降，他所掌管的镶红旗也被分给了长子岳讬，自己仅保留正红旗的领导权。

四、拥戴四弟

天命十一年（1626年）八月十一日，努尔哈赤去世，汗位空缺近二十日。按照努尔哈赤生前的规定，应由八和硕贝勒共同推举嗣君。当时，代善和皇太极是最有可能的候选人，但双方僵持不下。五年前的阿敦事件中，代善与皇太极的关系一度紧张，几乎水火不容。